Seit Bestehen des BÖL hat sich das Förderinstrumentarium des Bundesprogramms kontinuierlich weiter entwickelt: Zunächst wurden primär Einzelprojekte und Status-Quo-Analysen realisiert. Letztere zielten darauf ab, die gravierendsten Probleme etwa im Bereich der Tierhaltung zu erkennen und daraus den vorrangigen Forschungs- und Handlungsbedarf abzuleiten. Später dominierten Verbundvorhaben und Netzwerkprojekte, an denen verschiedenste Forschungseinrichtungen und Akteure des Öko-Landbaus intensiv beteiligt waren.

Interdisziplinäre Forschungsprojekte kamen hinzu, um komplexe Forschungsfragen unter Anwendung von Forschungsansätzen und -methoden verschiedener Fachrichtungen zu bearbeiten. Heute spielen in der Forschungsförderung des BÖL Transdisziplinarität und „On-Farm-Research“ zentrale Rollen. Hierbei werden Themenfelder über die gesamte Wertschöpfungskette ("from farm to fork") bearbeitet.