Seit Bestehen des BÖL hat sich das Förderinstrumentarium des Bundesprogramms kontinuierlich weiter entwickelt: Zunächst wurden primär Einzelprojekte und Status-Quo-Analysen realisiert. Letztere zielten darauf ab, die gravierendsten Probleme etwa im Bereich der Tierhaltung zu erkennen und daraus den vorrangigen Forschungs- und Handlungsbedarf abzuleiten. In der zweiten Förderphase dominierten Verbundvorhaben und Netzwerkprojekte, an denen verschiedenste Forschungseinrichtungen und Akteure des Öko-Landbaus intensiv beteiligt waren.
Mit dem Beginn der dritten Phase verlagerte sich der Schwerpunkt des BÖL auf interdisziplinäre Forschungsprojekte. Denn um komplexe Forschungsfragen zu bearbeiten, reicht die Expertise einzelner Fachgebiete oft nicht aus. Stattdessen kann es ein vielversprechender Ansatz sein, Forschungsansätze und -methoden verschiedener Fachrichtungen zu kombinieren.
Charakteristisch für die vierte Förderphase war die Durchführung von gezielten Wissensstandanalysen, um konkrete Forschungslücken in einzelnen Bereichen auszumachen. Dazu kam die Fokussierung auf drängende Probleme (wie zum Beispiel "Alternativen zur Anwendung von Kupfer").
Mit dem Start in die fünfte Förderphase haben neue Forschungsansätze wie Transdisziplinarität oder "On-Farm-Research" verstärkt an Bedeutung gewonnen. Es wurden mehrere Verbund-Projekte zu einem Themenkomplex – beispielsweise Monogastrierernährung – miteinander verzahnt, um Synergieeffekte zu nutzen und einen stärkeren Praxisbezug zu gewährleisten. Außerdem wurde die inhaltliche Erweiterung vom BÖL zum BÖLN erstmals umgesetzt: Im "Sojaverbundvorhaben", einem interdisziplinären Zusammenschluss zur Förderung und Erforschung des Sojaanbaus in Deutschland, sind neben Wissenschaft, Praxis, Beratung auch verarbeitende Unternehmen beteiligt. Damit ist die gesamte Wertschöpfungskette abgebildet.
In der sechsten Phase seit 2012 stand die Umsetzung der Eiweißpflanzenstrategie der Bundesregierung im Fokus. Ziel ist es, den Anbau, die Verarbeitung und Vermarktung von Leguminosen in Deutschland verstärkt zu fördern. Forschungsthemen werden derzeit weiter priorisiert, um die aktuell dringend zu bearbeitenden Themenfelder über die gesamte Prozesskette ("from farm to fork") zu erfassen und das Bundesprogramm stärker programmatisch auszurichten.
